GTMTI veikimas yra pagrįstas ir ribojamas pagrindiniais dokumentais:
VYTAUTO DIDŽIOJO UNIVERSITETO GAMTOS IR TECHNOLOGIJOS MOKSLŲ TYRIMO INSTITUTO NUOSTATAI
VYTAUTO DIDŽIOJO UNIVERSITETO GAMTOS IR TECHNOLOGIJOS MOKSLŲ INSTITUTO MOKSLO TARYBOS RINKIMŲ NUOSTATAI
NUTARIMAS DĖL VYTAUTO DIDŽIOJO UNIVERSITETO GAMTOS IR TECHNOLOGIJŲ MOKSLŲ INSTITUTO NUOSTATŲ PAKEITIMŲ PATVIRTINIMO
ĮSAKYMAS DĖL GAMTOS IR TECHNOLOGIJŲ MOKSLŲ TYRIMO INSTITUTO TYRIMO LABORATORIJŲ IR JŲ VADOVŲ PATVIRTINIMO